معایب این شیوه درمانی
موفقیت این وسایل نامرئی وابسته به عادات و همكاری بیمار در پوشیدن آنها به مدت حداقل 20 تا 22 ساعت در روز است بنابراین عدم همكاری مناسب بیمار در استفاده از این وسایل به شكست درمان منتهی خواهد شد.
به علاوه چون، در زمان غذا خوردن و نوشیدن بایستی آنها را خارج كرد پس احتمال گم شدن آنها وجود دارد كه در این صورت باعث اختلال در روند درمان می‌شود بنابراین جهت احتیاط به بیمار توصیه می‌شود كه قالب‌های قبلی را نگه دارد كه در صورت گم شدن تا زمان تهیه قالب‌های جدید بتواند از آنها استفاده نماید از موارد دیگری كه بایستی مورد توجه خاص قرار گیرد شستن و تمیز نمودن مرتب این قالب‌هاست چون در صورتی كه قالبها بدرستی تمیز نشوند باقی ماندن خرده‌ها و باقیمانده‌‌های غذایی در آنها می‌تواند باعث پوسیدگی دندان‌ها و سایر مشكلات دندانی شود.
از جمله معایب دیگر این سیستم این است كه دندان‌هایی كه دچار چرخش هستند برای اصلاح با این سیستم مشكل‌‌سازند همچنین انجام حركات در جهت عمودی با این قالبها ممكن نمی‌باشد بنابراین در مورد دندان‌هایی كه بلندتر از سایر دندان‌ها در خط لثه هستند و برای مرتب شدن احتیاج به حركت در جهت عمودی دارند ممكن است استفاده از تكنیك‌های جنبی همراه با این روش، مورد نیاز شود به عبارت دیگر این قالب‌های پلاستیكی از طریق قرار گرفتن در محل‌های گیر دندان و با تغییر شكل الاستیك از راه اعمال فشار، دندان‌ها را حركت می‌دهد.
دندان‌هایی كه خیلی بالاتر یا پایین‌تر از قوس قرار گرفته باشند برای حركت به محل صحیح خود نیاز به نیروهای كششی و رانشی دارند در حالیكه پس امكان تصحیح موقعیت دندان‌های فوق وجود ندارد مگر اینكه از ضمیمه‌هایی از جنس مواد كامپوزیتی كه به نام دُكمه (button) خوانده می‌شوند استفاده گردد بدین طریق كه این ضمائم، روی دندان‌های مورد نظر چسبانده شده و از طریق كاربرد كش یا (الاستیك) نیروهای در جهت عمودی به دندان‌ها اعمال می‌شود.
برخلاف روش‌های متداول اگر در این شیوه بیمار عادت به هم ساییدن یا فشار دادن دندان‌ها به یكدیگر را در طول روز و هنگام خواب داشته باشد این وسایل می‌توانند صدمه ببینند، هر چند این‌قالب‌ها از دندان‌ها در برابر آسیب محافظت می‌كنند اما در صورت صدمه دیدن قالب جدیدی باید سفارش داده شود كه این خود به هزینه درمان خواهد افزود.
بعلاوه در این متد پوشیدن این قالبها ممكن است در ابتدای درمان باعث مختصری نوك زبانی صحبت كردن بیمار شود كه معمولاً با عادت كردن بیمار به آنها از بین می‌‌رود. همچنین در موارد نادری به خاطر موادی كه این قالب‌های پلاستیكی از آن ساخته می‌شود ممكن است یك واكنش آلرژیك و حساسیتی در بیمار نسبت به آنها ظاهر شود كه در این مورد علائم خفیفی مثل زخم، سرفه و حالت تهوع گزارش شده است.
دیگر اینكه در این شیوه درمان هنگام تعویض قالبها و استفاده از سری جدید تقریبا هر دو هفته یكبار بخاطر حركت دندان‌ها در روزهای اول، درد فك و دندان‌ها قابل انتظار است.
بعلاوه در این سیستم اگر بیمار درمان را با نپوشیدن قالبها متوقف كند یا آنها را در مدت زمان مورد نیاز در دهان نگه ندارد قالب بعدی در سر جای خود نخواهد نشست پس قالبگیری مجدد و یك سری جدید از پوسته‌های پلاستیكی مورد نیاز خواهد شد كه باعث افزایش هزینه درمان می‌شود.
در نهایت این سیستم تا حدی گران است كه توسط كمپانی Align نیز تأیید شده كه این متد بطور قابل توجهی از سیستم معمول سیم و براكت گران‌تر می‌باشد.
در آخر بایستی متذكر شد كه چون این روش درمانی نیاز به استفاده از امكانات پیچیده و نرم‌افزارهای كامپیوتری پیشرفته و مراحل لابراتواری دقیق دارد و با در نظر گرفتن محدودیت‌های عملكردی در درمان مثلاً ناتوانی در انجام بعضی از حركات خاص دندانی با این سیستم و چون برای انجام این شیوه درمان بایستی قالب‌های بیمار برای طی مراحل پیچیده ساخت قالب پلاستیكی به خارج از كشور فرستاده شود و سپس در هر مرحله قالب‌های شفاف از آنجا برای استفاده بیمار ارسال گردد بنابراین روشی است كه نیازمند صرف وقت و هزینه زیاد بوده و عملاً استفاه از این روش را به جز در بیمارانی‌كه نامرتبی‌های دندانی اندكی دارند محدود می‌سازد.
